I lavori delle tratte del cosiddetto secondo periodo procedettero in maniera più spedita rispetto agli anni precedenti oltre che per la direzione lavori dell’Ing. Piercy anche grazie al fatto che, contrariamente agli anni passati, si lavorò anche nei mesi estivi di luglio, agosto e settembre, durante i quali, in quei luoghi, imperversava la malaria. Questa decisione purtroppo fu la causa della morte di un alto numero di operai.
Il 21 giugno 1878 si completarono i lavori relativi ai tratti Ploaghe - Ozieri ed Ozieri - Giave.
Il 25 settembre 1879 venne aperta al pubblica la stazione di Cagliari. l’edificio più importante realizzato dalla Compagnia in Sardegna. Il 1 luglio 1880 si completò il tratto Oristano - Giave, che sancì, dopo diciotto anni dall’inizio dei lavori, il completamento del ramo principale della dorsale sarda da Cagliari a Portotorres. Nello stesso anno si conclusero i lavori della tratta Ozieri - Monti.
Il 15 marzo 1881 i lavori raggiunsero Terranova Pausania ed il 1 maggio fu completato il breve tratto di linea sino ad Isola Bianca. Nel contempo il Governo incarica la Compagnia di studiare il tracciato per collegare Terranova a Golfo Aranci. Questo collegamento venne completato il 1 luglio 1883 e con esso, dopo 21 anni dalla firma della prima convenzione e 19 anni di lavori tormentati, si conclusero i lavori della Ferrovia in Sardegna.
Si evidenzia che le tratte del secondo periodo benché più difficili da realizzare per la conformazione orografica del terreno, furono quelle costruite in un tempo inferiore rispetto a quelle del primo periodo. La costruzione della ferrovia in Sardegna aveva creato malumore tra le popolazioni che erano state tagliate fuori e in modo particolare tra gli abitanti di Nuoro e dei paesi limitrofi, che lamentavano il loro atavico isolamento.
Il Governo, a seguito di queste lamentele, decise nel 1885, con la legge 3011 del 22 marzo, di concedere la possibilità di costruire una rete secondaria che collegasse i centri più isolati con le città principali e con la rete delle Ferrovie Reali. Vista la specifica richiesta di una costruzione in economia, fu deciso l'utilizzo di uno scartamento da 950 mm, che avrebbe inoltre aiutato gli ingegneri nella progettazione dei percorsi nelle impervie zone interne della Sardegna.
Ma questa è un’altra storia.